Обычный Ctrl+S не помогает? Можно попробовать изменить на On explicit save action. Убедитесь что в Tools | Deployment | Automatic upload также стоит Always как и в Tools | Deployment | Options.
Vlad Osadchyi, значит ваш интерпретатор умеет это дело подхватывать, думаю, что у вас ConEmu. а в IDE запускается интерпретатор, у которого такой возможности нет.
Вам лучше обратиться сразу в саппорт JetBrains, приложите им логи IDE (Help | Collect Logs and Diagnostic Data). По ним только будет видно, в чем причина.