Рекомендую не заморачиваться с контейнерами и сборками, поставить и настроить среду в Ubuntu не проблема, ищите nginx + PHP fpm + MySQL - эта связка настраивается за 15 минут и её хватит для начала работы.
После того как базовые принципы понятны можно заморочиться с контейнерами, но уже понимая где мухи где котлеты.
Хранить файл в удобнее в домашней папке, создать директорию для проектов и указать nginx куда смотреть.
IDE - PhpStorm это лучший вариант. Есть бесплатная версия, но платная того стоит.
