Регулярка соответствует цифрам, необязательной точке, опять цифрам и знаку процента. Её нужно заменить на совпавший кусок, обёрнутый в теги:
var re = new RegExp('(\\d+\.?\\d+%)', 'g');
"If 43 is after a 999.99% reduction, then it was"
.replace( re, '<mark>$1</mark>')
/*
If 43 is after a <mark>999.99%</mark> reduction, then it was
*/
