Во-первых:
var a = Math.round(Math.random()*99);
var b = Math.round(Math.random()*(99-a));
Так вы всегда получите сумму до 100.
После кнопки добавляем элементы:
<span id="formula"></span>
<input type="text" id="answer"/>
Затем:
var button=document.getElementById('start'); // Кнопка
var formula=document.getElementById('formula'); // Формула
var answer=document.getElementById('answer'); // Тестовое поле
var a,b;
button.onclick = function () {
a = Math.round(Math.random()*99);
b = Math.round(Math.random()*(99-a));
formula.textContent=a + ' + ' + b + ' = ' ;
};
answer.onkeyup=function(){
if (this.value-0 === a+b) alert('Ok');
}
Дальше сами разберетесь.
Во-вторых, можно обойтись без PHP.
В-третьих, так обработчики событий никто давно не навешивает.
Время можете засекать по секундам (до тысячной доли) с помощью Date.now() прямо в браузере.
jsfiddle.net/z3dyR/2