Илья

Вы пытаетесь сделать запрос, к той же самой таблице, которую редактируете.

UPDATE `goods`
SET `place` = JSON_REMOVE(`place`, JSON_SEARCH(`place`, '56','51'))
WHERE id='13'

JSON в MySQL - это некий ответ NoSQL (той же MongoDB).
Если вы хотите заменять структуры данных, которые должны быть реляционными - то профита не получите, даже напротив.
В вашем случае: как вытекающая проблема НЕ реляционных баз, при удалении какой-либо категории, она останется у вас в JSON поле и возникнет несогласованность (дополнительно нужно писать процедуру для редактирования ВСЕХ записей, чтобы убрать удаленную категорию), или же вы можете написать любой ID, в том числе и несуществующей категории.
В общем JSON поля это хорошо, когда они используются по назначению.

Индексы создать?
Или хотя бы разметить столбцы как внешние ключи.

Как вариант можно попробовать сменить основную таблицу:

SELECT
r.id as req,
ss.id as ss_id,
ss.user_id as user,
min(ss.created_at) AS date
FROM seo_source AS ss
INNER JOIN seo_user_request AS su ON su.user_id = ss.user_id
INNER JOIN request as r ON r.id = su.request_id
GROUP BY ss.id

В основном зависит все не от размера базы, а от того для чего вам эти данные, какая у них структура и как вы их будете обрабатывать.
Для начала, нужно определиться реляционная база или нет нужна.
Потом уже выбирать СУБД в зависимости от ваших задач.

Сделайте EXPLAIN запроса и потом уже смотрите что не так.
И на первый взгляд DISTINCT лишний, т.к. ID должен быть уникальным (если нет, то по первичному ключу получайте количество).

---

Вот этот JOIN лишний:
LEFT JOIN `city` `city` ON city.id=product.city_id

1 вариант:

SELECT f1.friend_id
FROM friends AS f1
INNER JOIN friends AS f2 ON f1.friend_id = f2.friend_id
WHERE f1.user_id = 7 AND f2.user_id = 25

2 вариант:

SELECT friend_id
FROM friends
WHERE user_id IN (7, 25)
GROUP BY friend_id
HAVING count(friend_id) = 2

А в чем проблем использовать `order by`:

SELECT id, login, password
FROM ts
WHERE active = 0
ORDER BY RAND()
LIMIT 1;

Потому что у вас его НЕТ?
Добавьте его в JOIN:

SELECT COUNT(*)
FROM joiners_tourdate
INNER JOIN joiners_country on joiners_tourdate.country_id = joiners_country.id
INNER JOIN joiners_artist on joiners_artist.id = joiners_tourdate.artist_id
WHERE joiners_tourdate.country_id = 3

Вам нужно кастомизировать административное меню и добавить страницу в админку.

- Как кастомизировать меню: https://dev.1c-bitrix.ru/api_help/main/general/adm...
- Как добавить страницу в админку: по той же ссылке, страницы "Список элементов" и "Форма" или вообще произвольную страницу можете сделать.

Немного странная структура.

Если они должны быть уникальными, то один из столбцов делайте внешним ключом (FOREIGN KEY) и оба столбца делайте UNIQUE.

Либо делайте такую структуру, чтобы оба столбца были в одном таблице и индекс делайте UNIQUE составной.

Вообще не круто вы поступаете.

Немного теории: https://ru.wikipedia.org/wiki/Внедрение_SQL-кода

Немного практики: php.net/manual/ru/pdo.prepare.php

Немного кода:

$dbh->prepare('INSERT INTO `message`(`email_otvet`, `messageh`, `messaget`) VALUES (?, ?, ?)')->execute([
    $emailotveta, $messageh, $messaget
]);

Вы это имеете ввиду:

GridView::widget([
    'dataProvider' => $arrayDataProvider,
    'columns' => [
        // ...
        [
            'attribute' => 'i18n',
            'content' => function(array $model) {
                return $model['value'];
            }
        ],
        // ...
    ]
]);

SELECT DISTINCT dialogs.* 
FROM dialogs LEFT JOIN messages ON dialogs.id = messages.id_dialog 
ORDER BY messages.time ASC, dialogs.id ASC

UPDATE `user` SET `puncte` = `puncte` + {$point} WHERE `ids` = {$tt}

---
Советую почитать про SQL-инъекции и подготовку запросов.