ЕсиВы ползуетесь базой данных MySQL, то можете исользовать встроенный механизм
Event Scheduler который может запускаться каждую минуту и удалять записи в которых время регистрации отлично от NULL и старше одного часа
Если используете Redis в качестве базы, то при сщздании записи можно сразу указать TTL (время жизни) после которого запись автоматически будет удалена. В этом случае при подтверждении записи нужно будет переносить её в постоянную базу - MySQL