очень долго что то у вас выходило из под фильтра? у нас ссылок было меньше 1500, но пришлось как и в вашем случае все прочистить руками, и хваленый везде Девака в свое время, нам ни чем не помог, хотя денег за консультацию заплатили, но вот что я понял что ни кто ни чего не знает толком , или все молчат и смотрят на других, думая что он нашел жилу и не хочет ни с кем ей делиться. В общем, как только прочистили ссылки и поснимали то что посчитали может навредить, итог вышли через месяц, но упали в выдаче из за уменьшения ссылочной массы.