Роман Гоголев

Создайте новую таблицу с нужными индексами и пишите в обе таблицы.
Перенесите недостающие записи во вторую таблицу.
Отключите первую таблицу.

Еще можно заморочиться с репликацией, да вообще оптимизировать этот алгоритм.

В Navicat есть функция синхронизации структуры между двумя базами — таблицы, индексы, триггеры итд.

SELECT min(id), project_id, min(year) FROM project GROUP BY project_id