Смотри, такие роуты
/organizations/{organizationId}/departments/{departmentId}/employees/{employeeId}
(обычно без слэша на конце) используют когда речь идет о древовидной иерархии.
Т.е. когда у тебя для одной организации /organizations/{organizationId} есть один или более департаментов, и для каждого департамента /organizations/{organizationId}/departments/{departmentId} есть один и более эмплоеров.
По идее, ты можешь получить всё дерево целиком:
GET /departments
даже не вопрос :) А можешь на этот же роут отдавать не дерево, а простой список айдишников организаций. Тут в зависимости от твоих целей.
А можешь так:
GET /departments?mode=list (список аудишников)
GET /departments?mode=tree (всё дерево)
вот это:
GET /organizations/{organizationId}/departments - подразумевает что ты отдаешь все департаменты для какой-то определенной организации ({organizationId}) - то же самое, можешь списком, можешь деревом, без разницы ))
Всё зависит от потребностей фронта.
Общий принцип: не отдавать больше, чем нужно :)