Roman Gorevoy

На самом деле конфигураций много и разнятся в зависимости от уровня новичка и его желании потратить время на подготовку. Общие принципы такие:

Иметь минимум 2 площадки - для разработки и для деплоя. Площадки для разработки может быть 2 - локальная и тестовая на сервере, с такой же конфигурацией, что и боевой. Можно их и в одну слить, главное, чтобы в итоге на боевом сервере не было неожиданных сюрпризов, когда на локальном всё работает, а на боевом всё поехало.

GIT на всех площадках для удобной работы. Обязательно удалённый репозиторий, на мой вкус лучше GitLab или BitBucket, GitHub для приватных проектов не выгоден и не удобен.

Параллельно подтяните Bash команды.

Среда разработки (IDE). Тут на выбор много чего есть. Самые популярные это PHPStorm (платный) и NetBeans. Если ничего не понравилось из этого, то можно посмотреть в сторону Visual Studio Code, это не прямо полноценная IDE, но тоже вполне себе редактор, для новичка может быть самое то. К тому же он бесплатен. Всякие Atom и Sublime не советую.

Новичку можно начать с этого, далее желательно идти в сторону Continuous Integration и изучения общепринятых стандартов разработки.

И немного не по теме, но всё же - очень полезно новичку будет начать прививать себе умение писать нормальный код. В случае PHP обязательно изучить PHPDoc и сразу начать его использовать, PSR(минимум 1-2-4), и основы проектирования (что такое MVC, MVP и пару основных паттернов, типа Singleton)

Основы работы с Git можно получить в статье, где в удобном формате продемонстрированы все основные git команды с примерами
По всем bash командам можно читать статьи на этом ресурсе

Исходя из того что у вас Reads / Writes: 99% / 1%

Сначала надо заняться оптимизацией самих таблиц. Иногда бывает достаточно проиндексировать несколько ключевых полей в основных рабочих таблицах и "о чудо", нагрузка резко падает. Дальше можно смотреть в сторону нормализации/денормализации (зависит от особенностей доступа к инфе у самого сайта).
Query cache вещь хорошая, но с ним можно намаяться, если неугадать с объёмом памяти под кэш (query_cache_size) и задать слишком большой, так, что будет съедаться вся оперативная память, что в итоге будет приводить к падению сервера. С другой стороны, если задать слишком маленький, то нагрузка на ЦПУ будет большой. В общем надо задавать и мониторить ресурсы сервера.