Если у Вас проект находится в домашней директории пользователя, то почему бы не создать отдельный pool php-fpm, работающий от нужного Вам пользователя, на директории права 755, на файлы - 644.
Затем в /etc/php/7.0/fpm/pool.d создаете новый файл с таким содержимым:
[user]
user = user
group = user
listen = /run/php/php7.0-user.sock
listen.owner = www-data
listen.group = www-data
pm = dynamic
pm.max_children = 5
pm.start_servers = 2
pm.min_spare_servers = 1
pm.max_spare_servers = 3
chdir = /
В конфиге Nginx:
location ~ \.php$ {
try_files $uri /index.php =404;
fastcgi_split_path_info ^(.+\.php)(/.+)$;
fastcgi_pass unix:/run/php/php7.0-user.sock;
fastcgi_index index.php;
fastcgi_param SCRIPT_FILENAME $document_root$fastcgi_script_name;
include fastcgi_params;
}
Тогда PHP будет работать от имени заданного в директиве
user пула php-fpm пользователя
