Если из базы с несколькими организациями нужно перенести данные только одной организации в чистую, лучше через синхронизацию создать распределенную информационную базу с фильтром по организации. После этого отключить созданную информационной базу от главного узла :
https://its.1c.ru/db/metod8dev/content/5802/hdoc. Не забыть в базе-источнике убрать созданную синхронизацию. Предложенные ранее варианты требуют больших трудозатрат.