Как достучаться до метода в контроллере из CLI?

А это к чему было? Если читать текст, то там написано, что схема уже и так без индекса.

К этому

Но в их примере используется вариант конфигурации с index.php а в этом проекте index.php не используется. Соответственно способ, указанный в документации не работает.

CodeIgniter создать точный запрос?

попробуйте передать строку, например
$this->db->where('customer_id = 7');

CodeIgniter создать точный запрос?

Да, или так
$this->db->where(['customer_id' => $id]);

Нужно ли отделять личный кабинет от сайта?

каким образом IP телефония будет связана с сайтом? Авторизованный в ЛК пользователь будет на сайте принимать звонки? Если нет, то смело отделяйте функционал ЛК от сайта (в противном случае, не исключаю что "террорист" даст еще о себе знать). В любом случае, я думаю Ваше желание отделить реализуется без особых проблем.

Отделяйте!!!

PS
Еще согласен с комментарием Алексей Уколов

Найдите себе программиста, с которым вам комфортно работать, и пусть он уже решает как будет лучше.

Как вывести данные из бд с помощью ajax в codeigniter?

В ошибке все написано. Из запроса кто будет делать result? Потом полученное приводите к нужному виду и отдавайте в JS. codeigniter3.info/guide/database/query_builder

Как вывести данные из бд с помощью ajax в codeigniter?

В контроллере, не передавайте выборку во view. Используйте echo или return для data[query ]

Как вывести данные из бд с помощью ajax в codeigniter?

У меня есть сомнения что делаете это средствами ajax. Если ajax, то полученные данные вставляете в нужный блок используя javascript или jq.

$.ajax({
...
success: function(data) {
    $("#more_articles").append(data)
}
...
})

Как вывести данные из бд с помощью ajax в codeigniter?

Как делаете запрос?

Миграция запускается но не создает мою таблицу как решить?

Файл имеет название 001_add_users.php, а класс - Migration_Add_user
В названии класса нет в конце символа "s"

Миграция запускается но не создает мою таблицу как решить?

В этом файле https://github.com/Rishats/votes-leader2/blob/mast... в строке 84 сделать так:

$config['migration_path'] = 'path/to/folder/migrations/';

Например, если папка migrations находится в папке apllication/config, то в файле application/config/migration.php на строке 84, должно быть следующее:

$config['migration_path'] = APPPATH.'config/migrations/';

Миграция запускается но не создает мою таблицу как решить?

Ришат, попробуйте заменить в файле application/config/migration.php место, где лежит папка с миграциями.
Сейчас строка 84 вышеуказанного файла указывает на папку migrations в папке application (по примеру написанным ранее)