Если есть домен и много машин на windows я бы рекомендовал windows server 2012 r2, одна стандартная лицензия даёт возможность поставить систему с hyper-v, а контроллер домена поставить на виртуальную машину. Плюс если хватает мощности туда же можно виртуалки centos/debian сувать под разные нужды.
Что реально хорошего в винде - hyper-v, ad, сервер терминалов. Остальное по возможности я бы держал на centos/debian
Хотя смотря как используете ad и тот же gpo, может это успешно можно заменить ldap и puppet.