Любой Dom элемент является объектом в JavaScript и как любой объект в отличии от примитивного типа при клонировании лишь передает указатель клонируемого объекта в конечный объект. Поэтому при изменении клона изменяется и оригинал поэтому что они указывает на одно и тоже в памяти.
let original = {
item: 'a',
index: 1
}
let clone = original; // Указатель у clone и original одинаковый
clone.item = 'b';
console.log(clone); // { item: 'b', index: 1 }
console.log(original); // {item: 'b', index: 1}
Вместо этого лучше в ручную копировать объект
let clone = { ...original } // используем так называемый spread opeator
теперь у нас клон с другим указателем чем оригинал
Пример использования