Привет. Столкнулся точно с такой же проблемой недавно. Из-за того, что установлен jail на домашнею папку для каждого пользователя (DefaultRoot) - модуль не может получить доступ к системному окружению. И это свободно решается установкой дополнительного модуля mod_vroot. Детали можно посмотреть
здесь