А в чём проблема запихнуть его в тот-же контейнер?
Качаете дистрибьютив zend-guard, распаковываете и кладёте файлы рядом с докерфайлом
Тут-же рядом кладёте конфиги с нужными правками.
С помощью комманды "CP" в докерфайле, запихиваете всё поместам.
Профит?
Можно скриптик написать и через RUN всё запилить
