Denis Verbin

Если по настройкам ничего специфического нет - не морочьтесь над переносом с USB диска на HDD.

1. Перенесите все VM с первого диска на второй (можно банальным копированием каталогов)
2. Загрузитесь с установочной флешки и установите на "первый диск" чистую, обновленную систему (она сама заберет себе, сколько нужно. Остальное останется под datastore).
3. Можете вернуть на свое место вынесенные на второй диск виртуалки.

Должно быть нормально. Переносил с workstation 10 на 5.1. и 5.5.

Это наверное мегаплан у вас? :)
Аналогичная проблема, любой шорох с виртуалкой - новый ключ

Посмотрите в настройках разрешений, вероятно Console - отключен.
Как вариант "обновить" или банально накатить сверху более свежую версию с сохранением настроек.
У вас получится переустановленный но уже сконфигурированный ESXi.