Denis Verbin

Тут только гадать. У меня была похожая ситуация, в моем случае, через некоторое время после установки сервера были обновления ssh (на клиенте) и были выключены некоторые алгоритмы шифрования, а на сервере все осталось по прежнему. Помогло добавление
KexAlgorithms +ecdh-sha2-nistp256
в .ssh/config

По предоставленным Вами данным top - все вполне ок. Арендуя VPS вы можете жать с нее столько, сколько сможете. Другое дело "кривые руки Вашего хостера", который не может разделить ресурсы.
Пройдясь по тарифной сетке указанного вами хостера, могу сказать следующее. За цену в 8.5$ (самый дешевый VPS) вы можете взять виртуалку у того же DigitalOcean (реф) с большим кол-вом ресурсов (при регистрации не забудте поискать промокоды в сети) или даже целый Dedicated server на online.net.
Вот все что можно посоветовать в данной ситуации.

Попробуйте так

echo "extension=memcache.so" >> /etc/php.d/memcache.ini

Попробуйте iptables -flush

Я думаю это вам поможет www.proftpd.org/docs/contrib/ftpasswd.html

Суди по всему у вас в системе отстутствует python

yum groupinstall -y 'development tools'
или
yum install python

FlashFXP

Что-то сильно дофига выделено под корень /
10-15GB обычно с головой хватает.

Можно примонтировать его вместо /home и перенести туда все сайты, но в таком случае весь смысл ssd теряется.
Я бы вынес на HDD симлинками только "толстые" папки сайтов, например с аплоадами.