По итогу почти полугодичного тестирования данной схемы - все ок.
Единственным неудобством является необходимость дублирования DNS записей на виндовом DNS.
Есть папка в которую заливают, обычно это uploads изображений для постов (wp-content/uploads для wordpress)
Так вот в этой папке нужно зарезать выполнение скриптов.
Добавьте .htaccess файл с содержимым