Андрей

Если предыдущие ответы не решили проблему, попробуйте сделать к html или body (или к ним обоим) overflow-x: hidden, должно помочь в любом раскладе

создай обший контейнер для них, и задай этим .col-md-6 высоту 100%

https://www.google.ru/search?q=%D0%BE%D0%B4%D0%B8%...

Есть вариантов много, т.е. и через css, jquery. Не смотрели? Можно просто статически задать им одну высоту, но это, конечно, вряд ли решение.

Как сделать колонки одинаковой высоты в Bootstrap3?
Залить по всей высоте style="background-color: red;"