Прочитать файл, поместить строки в список, удалить из списка дубликаты, записать строки из списка в файл.
UPD: можно использовать OrderedDict для быстрого поиска дубликатов без потери порядка следования
from collections import OrderedDict
lines = ["GL", "gL", "aa", "bb"]
print("Before:")
print(lines)
unique_lines = OrderedDict()
for line in lines:
normalized_line = line.capitalize()
if (normalized_line not in unique_lines.keys()):
unique_lines[normalized_line] = line
print("\nAfter:")
print(unique_lines.values())
В моём варианте оригинальной строкой будет считаться первая попавшаяся, а сравниваться строки будут без учёта регистра
