Без кода дать ответ сложно. Вообще выглядит как проблема с non-maximum suppression - грубо говоря, у тебя несколько соседних перекрывающихся окон дают отклик, так как они все содержат лицо. Нужно выбирать окно с самым сильным откликом, и либо отбрасывать, либо объединять сильно пересекающиеся с ним. Кроме того, можно пробовать отсекать те окна, у которых соседей слишком мало.
Кроме того, признак Хаара всегда состоит из черных И белых прямоугольников равной суммарной площади. Это связано с тем, что он оперирует суммарной яркостью в той или иной области окна. Так что признак с одним чёрным прямоугольником - это не признак. Что-то ты странно сформулировал.
Ну и наконец, каждый признак в отдельности - это слабый классификатор, поэтому из отдельных признаков собирается более сильный классификатор с помощью алгоритма бустинга (например, AdaBoost).
