res2001

При включении с помощью include так и делают, т.к. для включенного makefile текущим каталогом будет каталог откуда вызван первичный makefile, а отсюда файлы в подкаталоге доступны только с указанием пути. include же по сути просто вставляет текст одного файла в другой и все.
Другой вариант - не использовать include, а запускать make рекурсивно для каждого подкаталога с переходом в этот подкаталог (вроде ключ -с в make).

Нужно делать цикл по исключаемым файлам и исключать файлы по одному.
В make для этого есть $(foreach ...)

Ответ в комментариях

Попробуйте в путях в makefile использовать противоположные слеши (Unix style).

Поставьте минус перед mkdir (и перед cp то же).
make анализирует код возврата каждой выполняемой команды по отдельности, если команда завершается с кодом возврата не равным 0 (обычно это признак ошибки при работе программы), то make по умолчанию завершает процесс сборки с ошибкой. Знак минус заставляет make игнорировать код возврата.

То что встречал по make в интернете:
1. "The GNU make book" на английском.
2. "Управление проектами с помощью GNU make" на английском, так же есть ее перевод энтузиастами, лежит где-то на гитхабе в "исходниках" на LaTex
В принципе для достаточно продвинутого написания makefile этого будет достаточно.

Ну и сделайте так:

ud-button:
PROJECT_SOURCEFILES += ud-dag_node.c 
DEFINES+=PROJECT_CONF_H=\"ud-button.project-conf.h\"
CONTIKI = ../..
CONTIKI_WITH_IPV6 = 1
include $(CONTIKI)/Makefile.include

ud-rpl_root:
PROJECT_SOURCEFILES += 
DEFINES+=PROJECT_CONF_H=\"ud-rpl_root.project-conf.h\"
CONTIKI = ../..
CONTIKI_WITH_IPV6 = 1
include $(CONTIKI)/Makefile.include

make запускать соответственно:
make ud-rpl_root
или
make ud-button

А для цели all можно написать так:
all: ud-button ud-rpl_root