Разобрался. cron обращался к системной функции getpwnam, а т.к. у меня пользователи беруться с ldap каталога по ssl, то этот вызов генерил запрос библиотеки openssl.
Оказалось в системе стояло 2 версии openssl из мира и из портов. Один из вызовов к openssl проходил к одной версии, второй - к другой и, видимо, что-то в этом месте не нравилось системе :)
Оставил версию openssl из портов и cron поднялся как родной.