После БПФ получаете комплексный массив, где каждый элемент - амплитуда определенной частоты.
Частота по сути - это индекс массива.
Но в элементе может быть не одна частота - количество частот в элементе массива зависит от частоты дискретизации сигнала и от длины БПФ: freq_length = sampling_rate / fft_length;
Если sampling_rate == fft_length, то в элементе массива единственная частота.
freq_length - разрешение элемента массива по частоте.
Анализировать можно только половину массива (см. про частоту Найквиста), остальные отсчеты - это сопряжение первой половины. Соответственно реально получить частоты до sampling_rate / 2 - 1.
В вашем случае, видимо, нужно найти энергетический спектр: сложить квадраты действительной и мнимой частей всех частот. Найти максимумы - это и будут ваши частоты аккорда - лучше построить график и посмотреть визуально, что получится.