res2001

Дать права на запись в нужный каталог всем пользователям из-под которых запускается скрипт.
Чтоб пользователи не ползали в этот каталог самостоятельно - не подключайте его как сетевой диск. В программе задавайте UNC путь к каталогу для записи отчета.

Символ крышки ^ является "специальным" для cmd. Так что его не стоит использовать в качестве разделителя, если вы планируете решать задачу на батниках.
Вообще вашу задачу можно решить так:

@echo off

set "str=hjh#jhjh#hkjh#khkjh##khkjh"
set "delim=#"
set "count=0"

:loop
call:finddelims
if defined str goto:loop
echo.%count%
goto:eof

:finddelims
for /f "tokens=1,* delims=%delim%" %%a in ("%str%") do (
	echo.%%a
	set /a "count+=1"
	set "str=%%b"
)

Тут я выбрал разделителем символ #, строку задал в переменной str произвольную с разделителями.
Двойной разделитель считается как 1. Разделитель стоящий в конце строки не учитывается.

for /f "delims=" %%a in ('cscript //nologo C:\Users\Admin\Documents\123\date.vbs') do del /f /q %%a.vbs

За подробностями: for /?

Если вам нужно сделать ввод имен файлов, то это можно сделать непосредственно в командном файле.
Команда
set /p filename="Enter file name: "
Выведет запрос на ввод имени файла. Можно вводить руками, а можно перетащить из проводника или с раб.стола любой файл. Полное имя файла будет в переменной filename:
echo.%filename%

Гуглите "netsh create wifi profile"

Посмотрите описание:
for /?
Ваш случай - это for /f - построчно читает файл и разбивает его на лексемы.
Например:

for /f "usebackq tokens=1,2 delims= -" %%a in ("%Src%\*.txt") do (
  echo.%%a = %%b
)

На счет set, могу добавить к ответу Saboteur еще такой момент - чтоб пробелы, случайно попавшие в конец строки, не присваивались переменной нужно команду давать в таком виде:
set "Src=D:\tmp"
Ваша задача нормально решается на cmd, поэтому можно не искать другой вариант.
На счет других вариантов - из коробки в винде присутствуют, кроме cmd: PowerShell, JavaScript, VBScript

Можно и голым батником, без сторонних средств, но с некоторыми ограничениями.
Но проще, как сказал Борис Сёмов использовать специально для этого предназначенные утилиты типа sed.

Узнать имя пользователя, под которым вы работаете в данный момент можно с помощью команды:
set USERNAME

По умолчанию стандартная учетная запись пользователя Администратор (для русской винды) заблокирована и ее нельзя использовать.

Единственный пользователь системы должен обладать правами администратора, иначе вы ничего не смогли бы установить в винду.

Поскольку в винде есть UAC, то даже запустив что-либо под пользователем с правами администратора, вы этих прав реально не имеете и требуется повышение привилегий.
Стандартными средствами повысить привилегии запускаемой из сценария программы можно с помощью powershell скрипта (легко можно нагуглить, он открывает окно запроса повышения привилегий) или с помощью других сторонних утилит (например nircmd, есть и другие).

Напишите на том же php скрипт замены или воспользуйтесь утилитой sed.
sed линуксовая утилита, но ее виндовая версия есть в составе msys2, git bash, cygwin и т.п. пакетах.
Вызовы sed можно завернуть в батник.

Непосредственно использовать bat сценарий для прямой замены скорее всего не выйдет, т.к. в php файлах обычно присутствуют символы, которые являются специальными для bat (такие как: <>&| ...), из-за них bat сценарий будет завершаться ошибкой и работу не сделает.
Но вызовы sed в батник завернуть можно, т.к. непосредственно замену будет совершать sed, а не батник.

40 приводов? подключены к 40 компам? Это шутка?
Давно уже не видел бэкапа на CD/DVD.
Лучше заведите себе внешний жесткий диск и бэкапте туда.

На счет записи дисков из командной строки - в Вин 10 есть встроенная утилита isoburn, но она пишет только iso образы, которые надо еще создать в вашем случае, а так же в конце записи она открывает окно с сообщением о результате записи.
Можете воспользоваться cdburnerxp, в его составе есть утилита командной строки для записи дисков. Он много чего умеет. Есть и другие утилиты для этих целей, если cdburnerxp не подойдет.

Image magic умеет работать с pdf из командной строки. Вызовы можно упаковать в батник.

От консольного окна можно избавиться запуская скрипт с помощью wscript:
wscript <имя скрипта>

Консольное окно от taskkill можно скрыть запуская команду так:
oShell.Run "taskkill /im update_notepad.exe", 1, True

На счет ожидания: метод Run объекта WScript.Shell возвращает код возврата запускаемого приложения.
Если taskkill умеет сам сигнализировать о проделанной работе, то можно в цикле вызывать taskkill и анализировать код возврата, до тех пор пока по коду не станет ясно, что процесс удален.
Вам нужно самому выяснить коды возврата taskkill, сделать это можно с помощью простого батника, анализируя errorlevel после вызова taskkill. В документации я нигде кодов возврата taskkill не встречал.

Если же taskkill не использует коды возврата (многие стандартные виндовые утилиты пренебрегают этим средством), то задача усложняется.
Один из вариантов - анализировать вывод taskkill, с помощью find или findstr и ловить их код возврата (эти утилиты точно сообщают в коде возврата, что строка найдена или не найдена).
Другой вариант - сначала выяснить с помощью tasklist запущен ли ваш процесс и только потом вызывать taskkill.

И не забывайте делать паузы между вызовами taskkill, т.к. эта карусель без пауз отожрет у вас изрядно процессорного времени.

start c:\caddy\caddy

Гуглите например "bat2exe" - подобные софт есть.
Принцип у всех простой - создается самораспаковывающийся архив с возможностью запуска указанного файла.
Архив обычно распаковывается во временный каталог. Никакой защиты кода это не гарантирует - любой специалист сможет найти распакованные исходники. Поэтому, обычно, в этом нет смысла.
Как верно заметил # без наличия в комплекте портабельной версии интерпретатора питона вы не сможете гарантировать работоспособность набора.