PrAw

[uwsgi]
plugins-dir = /usr/lib/uwsgi/plugins
plugin = python3

Как поставить плагин для вашей системы - смотрите в документации :)

Как ставил я:
apt-get install uwsgi-plugin-python3

грузиться с диска/флэшки и переустановить grub

Подключи этот модуль:
https://httpd.apache.org/docs/current/mod/mod_stat...
покажет чем занят каждый воркер, там уже сможешь более прицельно искать виновника.

Второй вариант, настроить лог
httpd.apache.org/docs/2.2/mod/mod_log_config.html
Там есть замечательный параметр:
%T The time taken to serve the request, in seconds.
Тоже даст список подозреваемых.

Даже просто поиск по всем файлам по "eval(" в случае php даст тебе список всех подозрительных файлов. Но в любом случае пока дырка всё еще есть, то повторное заражение не за горами, надо искать причины.

Если у тебя /home монтируется на отдельный раздел, то проблем не возникнет, если его не трогать при установке.
Достаточно будет установить тот же набор программ и они прозрачно подхватят все настройки.

Если нет, то экспериментировать с parted, создать новый раздел, перенести данные /home на него и поправить текст в /etc/fstab, ну или просто слить на внешний диск данные.