Чтобы делать конкретные выводы, надо проводить хотя бы короткий аудит. Я посмотрел одну страничку из тех, что есть на сайте, но нет в индексе - глобальных проблем технического характера не увидел.
Однако что бросается в глаза - так это отсутствие информации о компании на сайте. Яндекс не станет высоко ранжировать компанию, о которой не имеет информации. Создайте учётку в Яндекс-Бизнес и хорошо заполните профиль, в первую очередь - добавьте юридическую информацию, ИНН, ОГРН, юридический адрес и т.п. Городской телефон - вместо сотовых.
Во-вторых, по прямому витальному запросу в выдаче торчит сайт rems.msk.ru. Это ваш сайт, партнеры, дилеры, конкуренты? У них, к слову, тоже какая-то беда с информацией о компании, но всё таки заполнено получше, и даже есть городской телефон.
Суть в том, что Яндекс не хочет пускать в коммерческую выдачу компании, которые не знает и которым не доверяет. Я бы начинал именно с этого пункта.
