Для начала я бы отталкивался от типа и тематики сайта. Например, что хорошо новостному сайту - может не очень подходить сервисному или информационному.
Если у вас сайт с более-менее статичной и понятной структурой, которую вы не планируете менять - определенно стоит рассмотреть вариант с отображением разделов в URL.
Помните: Удобно и грамотно структурированный сайт - серьезная заявка на победу в битве за посетителей. Но в этом плане гораздо важнее навигация и внутренняя ссылочная структура сайта, нежели структура URL (хотя о ней тоже не стоит забывать).