Спасибо. Вроде решилась проблема. Переехал на другой сервер.
Настроил NGINX по другому и добавил дефолтный сервер, который отдаёт 403 если нет домёна на сервере. Точно в чём проблема была не известно.
Наоборот нет ни какой нагрузки. Переустановил полностью сервер проблема осталась. увеличил таймауты всякие кеши у nginx вроде стало лучше.
Год аналогичный сервер проработал.
Может зависит от настроек pm.max_children ?
У меня по дефолту стоит Всегда хватало. Тем более если нагрузки нет на сервер. Сайты просто лежат.
log_slow_queries не чего не пишет.
Зато есть ошибки nginx
2017/03/12 09:06:30 [error] 18645#0: *3410 FastCGI sent in stderr: "PHP message: База данных WordPress возвратила ошибку Server shutdown in progress в ответ на запрос SELECT WP2017_posts.* FROM WP2017_posts WHERE 1=1 AND WP2017_posts.post_name = 'alpine-sbg-1224br' AND WP2017_posts.post_type = 'product' ORDER BY WP2017_posts.post_date DESC , выполненный require('wp-blog-header.php'), wp, WP->main, WP->query_posts, WP_Query->query, WP_Query->get_posts
PHP message: PHP Warning: Error while sending QUERY packet. PID=31244 in /var/www/shops/21/wp-includes/wp-db.php on line 1879" while reading response header from upstream, client: 141.8.132.21, server: xxxx.ru, request: "GET /magazin/sabvuferi/alpine-sbg-1224br/ HTTP/1.1", upstream: "fastcgi://127.0.0.1:9000", host: "xxxx.ru"