Отличаются и весьма принципиально с точки зрения сервера. Из того, что сразу бросается в глаза, не вдаваясь в ньюансы:
1) Политиками безопасности по умолчанию. Включен selinux и iptables. По умолчанию отключены даже icmp так что даже не пинганете машину.
2) Долгий жизненный цикл.
Себе на рабочих и домашних десктопах я всегда ставлю debian, там и пакеты посвежее, и побольше их и в целом удобнее для работы. На внутренних серверах компании всегда ставлю FreeBSD (не мой выбор) и CentOS. С точки зрения безопасности CentOS очевидно выигрывает.
