В общем, к "объединение кучи баз mysql в одну, под управлением одной админки" твои проблемы не имеют никакого отношения.
Базы данных все примерно одинаковые, одним не хватает таблиц, другим столбцов. Это приходится добавлять(но это пол беды).
В современном мире для этого служат
миграции.
обновление админки, которая функционирует на php. Переписывать запросы в базу, исправлять ошибки, менять название функций, добавлять/удалять переменные и т.д.
В современном мире это целая отрасль, которая в первую очередь базируется на
системе контроля версий. Если в твоём агентстве она не используется, то надо бежать оттуда.
Потому что вредрить её у тебя вряд ли получится, а работать с распределённой кодовой базой без CVS - это даже не каменный век, а какие-то амебы в первичном бульоне.
Но по идее у движка должно быть как минимум единое ядро, которое никак не зависит от конкретного сайта, и содержит абсолютно одинаковый код. обновление такого движка олжно производиться одной кнопкой. Но для этого код должен быть дейстительно унифицированным, и быть четко разделенным на ядро и надстройки под конкретного клиента. И это все надо реализовать.
