Самый быстрый вариант, конечно, будет изменить вашу программу так, чтобы она могла работать с несколькими кусками, без всяких предварительных подготовок.
Ваш текущий вариант вносит дополнительное разименовывание указателя на каждое число.
Вариант с memcpy внесет дополнительное копирование, что помедленнее разыменовывания указателя по идее.
Но на практике все зависит от кучи факторов. Много ли у вас чисел, попадают ли они в кеш процессора, как далеко лежат две части буффера, как долго идет обработка каждого числа. Проверить это в итоге можно только практикой, но, скорее всего, ваше текущее решение будет быстрее memcpy, потому что единственное приемущество memcopy будет в том, что данные лежат в памяти подряд, что очень дружественно к кешу. Но вашем текущем решении и сами указатели и то, куда они указывают, итак лежат в памяти подряд (кроме одного индекса, где меняются массивы).
