Например так:
sed -e 's/^(\s*)-(.*);//' main.css > _main.css
поскольку регулярка простейшая, то работает только для многострочных css, начинающихся с - и заканчивающихся на ;
Если необходимо универсальное решение, то надо подключать базу с caniuse и проходить по ней.
А почему вы не воспользуетесь самим Autoprefixer для этого?
