Здесь причинами может быть все что угодно, может не хватка ресурсов, смотрите error.log
может быть проблема в запросах, включите slow_query_log и смотрите slow запросы, при не правильной настройки my.cnf и не правильных запросах можно сожрать все ресурсы и тп.