А в чем сложность через терминал со своей конфигурацией?
Я себе делал следующим образом - папка с файлами zabbix-agent, в файле конфига вписан сервер и основные данные, установочный скрипт на повершеле (прописывает службу, тип запуска и т.п. + файрвол)
И дальше алгоритм элементарный - копируем файлы на компы, скриптом делаем установку и собстывенно имеем работающие агенты
На сервер добавлять можно через autodiscovery
