Когда такое случилось у меня, я сделал вот так
1) скачал файлы сайта по FTP на локальный компьютер
2) проверил их антивирусом (использовал бесплатную утилиту от drWeb), получил список заражённых файлов; убедился что в списке не было "заражённых" полезных файлов, были лишь левые файлы
3) удалил заражённые файлы на сервере, проблема решилась.
Сожалею лишь, что не смог обнаружить источник зловреда.
