daydiff все верно заметил. Немного дополню.
(1) — При чем вы можете обернуть как элемент в блок, так и блок в элемент. Проще первое, т.е. .menu>.menu__content, но возможно и наоборот. Методология ничего не запрещает, но частенько крайне интенсивно рекомендует, поскольку её разработчики собаку много на чем съели.
С другой стороны, я не понимаю почему вам придется переписывать css? Даже если добавите какой-то враппер элемент, который пойдет внутри блока на всю его ширину/высоту, то допишите стили чисто для него, в крайнем случае перенесите ему стили блока, а блоку допишите нужные.
(2) — Чтобы не было пересечений между элементами разных блоков и состояниями разных элементов/блоков, на которые кто-то захочет повесить js обработчики или стили.
(3) — Если сборка страниц/бандов делается инструментами, то в папке блока рядом с остальными: blockname.ie*.css. Если руками — то как удобнее, сложно знать ваше окружение.
