Платежная система Rapida. Как сертификаты поместить в java?

Согласен с jkotkot.Сперва необходимо понять, какие конструкторы поддерживает PemReader в твоем коде.
Например :

com.google.api.client.util.PemReader
PemReader r = new PemReader(new InputStreamReader(is));

Таким образом, ты можешь считывать файл сертификата из ФС и передавать его ввиде потока в конструктор PemReader