Какую библиотеку используете?
Причина возможна в том, что в библиотеке по дефолту установлен высокий таймаут подключения, и вы выключаете бота еще до того, как подключение к апи обрывается.
Как именно указать прокси - зависит от используемой библиотеки
Могу посоветовать арендовать vps и поднять на нем nginx, настроить proxy_pass на api.telegram.org, буквально пару дней назад сделал таким образом, работает
