Как вариант, использовать файловую систему btrfs для той папки, которую нужно защитить от удаления. Эта файловая система умеет откатываться к любому предыдущему состоянию. Создаём небольшой раздел на диске (не впритык к размеру хранимых файлов, конечно же, если нам их предстоит редактировать - нужен запас на внесение изменений), форматируем его в этом формате, монтируем в нужную папку. Работаем. Если вдруг что-то испортили - откатываемся к предыдущей рабочей версии. Если нужно во что бы то ни стало сохранить какой-то конкретный вариант файла, можем пойти ещё дальше: до монтирования btrfs в папку, защищаемую от удаления, скидываем всё, что хотим сохранить в неизменном состоянии, и только после этого монтируем (в неё же!) раздел диска, размеченный в btrfs - его всегда можно отмонтировать (и тогда мы получим доступ к файлам в папке), а пока он смонтирован, исходное содержимое папки полностью скрыто и надёжно защищено.