Если немного повозиться, то ffmpeg/avconv из командной строки может всё это сделать.
На любом скриптовом языке (питон, перл, рнр) набрасывается взаимодействие совсем легко.
Или даже экселем команды для командной строки нагенерить...
Пример:
ffmpeg -ss 00:00:15 -i song.m4a -t 00:00:30 -acodec copy sample.m4a
-ss 00:00:15 - стартовое время
-t 00:00:30 - ДЛИНА
-acodec copy - копируем без перекодирования.
Логика - сначала насохраняли все отрезки отдельными фрагментами, потом собрали в один большой файл
Под Windows:
https://ffmpeg.zeranoe.com/builds/
линуксовые и сами найдете