DERBIAGLOBALISTO, посоветую сделать так, чтоб реврайт обрабатывал только запросы, требующие выполнения php. Для всего остального чтоб отдавал как есть. Если не поможет, тогда смотреть код сайта, смотреть возможные ajax запросы и тд., да и вообще посмотреть лог, при каких обращениях происходят дубли.
DERBIAGLOBALISTO, могу ошибаться по поводу конфига. Но он тебе перенаправляет абсолютно все запросы, а значит не исключено что по запросу какой-то картинки, он выполнит скрипт.
У тебя два реврайта. Которые перенаправляют все и на site.ru, и на www.site.ru, перепиши так, чтоб в зависимости от наличия www, перенаправлял на нужный адрес.
klunker, ну так проверь, если кажется. Есть там полосочка, или нет - пофиг, ты смотришь в здоровый светящийся экран, и чем ярче он светит, тем быстрее начнут болеть глаза. Для быстрого осознания посмотри на солнце.