Сделайте отдельно две ветки
мержите всё это дело в production
И ещё добавьте хук для автоматического обновление файлов на рабочем сервере при изменениях ветки
cd /home/user && git clone /home/user/repo deployСоздастся папка /home/user/deploy с копией репозитория, там можно делать git pull для обновления, но работать там будет сложно (не буду сейчас вдаваться в подробности), но это и не требуется, это же деплой. Работать надо в /home/user/repo.
Пока настроил push на GitHub а оттуда pull в deploy
GitHub - для сохранности, к тому же там интерфейс удобный
в общем, все хорошо)