Массово перекодировать можно в терминале вот этой ерундой, например:
https://pypi.org/project/eol/
Аналогичная есть на JavaScript:
https://www.npmjs.com/package/crlf
У git есть опция принимать любые окончания строк, но коммитить LF (по-моему в новых версиях это по умолчанию так, или мне попался такой дистрибутив). Избавляет от возни.
