Михаил Проектов

Node-код в примере некорректен по отношению к поставленной задаче:

for (var i = 0; i < 100000; i++) {
  connection.query(
    'SELECT * FROM dreg_document', 
    function(error, result, fields){}
  );
}

Тут просто в синхронном цикле вызывается 100000 асинхронных запросов БЕЗ ожидания их завершения. Просто 100000 раз кинули запрос и закончили работу программы подсчитав время. Автор вопроса не понимает как работает node.js и в связи с этим неверно трактует полученный результат. Если ожидать каждого ответа на запрос к SQL-серверу, то результат будет совсем другим.

for ($i = 0; $i < 1000; $i++) {
    $result = mysql_query('SELECT * FROM dreg_document');
  }

Бессмысленно, и беспощадно. Вы слышали про кэширование запросов? Так вот только оно здесь и будет работать)

И ещё, вы об асинхронности слышали? Так вот, NodeJS асинхронный, в том числе с запросами к БД.