Нет такого, что рекомендуют или не рекомендуют. Все зависит от вашего проекта. Те доводы, которые здесь перечислены насчет CI итд - правильные. Дополнительным аргументом в пользу deploy-скриптов может быть, например, необходимость изменения схемы БД на проде с очередным апдейтом, чего git не сделает сам по себе. Плюс, обновление через git - не очень рабочий вариант в случае компилируемого кода. Конечно, можно навернуть поверх гита каких-нибудь билдеров, но этому уже точно на проде не место.
Но если, например, проект простой, компилируемого кода нет, и в команде есть договоренность о том, что в master попадает только протестированный код, то никакого криминала в том, чтобы сделать git pull, нет.
