Поскольку решения, идеально подходящего для обеих ОС нет, то правильный ответ зависит от того, какая ОС используется больше. Если больше используется Linux, тогда раздел лучше сделать в ext3, а для доступа из винды использовать драйвер
Ext2IFS (при форматировании раздела надо явно задать размер
inode 128). Если больше используется винда — тогда раздел в NTFS и встроенная в Ubuntu поддержка (вероятно, через ntfs-3g).