1. Открыть ИП. Тут вроде все просто.

При выборе системы налогообложения не поленитесь узнать стоимость патента для вашего вида деятельности.
Может оказаться, что в вашем регионе/городе использвать ПСН вам будет выгоднее, чем УСН с 6% от дохода.

3. Зарегистрироваться в Эльбе для бухгалтерии.

Можно и самому все делать. Это в принципе не сложно, что на УСН, что на ПСН.

4. Перевести текущий контракт на русский. Можно самому? Заверять насколько я понял не нужно.

Спросите в банке. В одном у меня приняли как есть на английском, в двух других требовали заверенный нотариально перевод.

1. Раз в месяц я должен отправить инвойс или акт работодателю с номером счета, со списком выполненных работ (Это обязательно? у меня бессрочный контракт, таски могут быть разные).

У меня примерно так и выходит, но без списка. Заказчику он не нужен, валютному контролю тоже, им только счет и акт нужен.

2. Деньги падают в $ на транзитный счет, там банк проверяет сделку, инвойс (акт) и контракт я так понимаю?

Когда деньги пришли, вы должны будете в течение 15 рабочих дней предоставить в банк справку о валютных операциях, справку о подтверждающих документах (+ сами документы - счет и акт) и распоряжение насчет пришедшей суммы. Банк проверит справки и выполнит рапоряжение. распоряжение может быть на перевод валюты на ваш текущий валютный счет, ил на продажу валюты за рубли с зачислением вырученной суммы на ваш рублевый счет.

3. Нужно будет перевести их на рублевый счет и уплатить налог с суммы на момент поступления денег на транз. счет.

Переводить в рубли не обязательно. Можете их держать на валютном и обменивать на рубли по мере необходимости. Налог платите (с рублевого) если у вас УСН. При ПСН налог не возникает, ибо вы платите его как бы авансом при получении патента.

4. С рублевого счета я могу отправлять/делать с суммой что угодно?

С рублевого или валютного счета ИП отправьте дньги себе на счет физ.лица (это тоже операция подпадающая под валютный контроль и требует справки о ВО, но она простая) и уже оттуда делайте с ними что угодно.

P.S Если уже какое то время получал от этой фирмы зп на paypal и выводил на счет в Сбере, может это как то всплыть?

очень маловероятно. в назначении платежа надеюсь не было слова зарплата :)
И вообще, когда станете ИП, сразу забудьте про слово "зарплата". Все что вам придет на счет от клиента это ваш предпринимательский доход.

Желаю удачи !